פרק ג' – פרשן התורה בערבית
דודו, ר' יצחק קארו, שהיה באותן השנים רבה של קהילת קושטא, שמע על פטירתו של ר' אפרים אחיו ואביו של ר' יוסף וכתב אליו אגרת למצרים. במכתב זה ביקש הדוד מאחיינו לבוא אליו לקושטא, וכל פרנסתו תהיה עליו.
ר' יוסף החליט, כל בקשה זו בעיתה באה, כדי שיוכל להמשיך ולהקדיש את כל עיתותיו לתורה. הוא מצא את הדוד עסוק מאד בענייניה של העיר קושטא. אך לעת ליל כאשר היו יושבים ללמוד בצוותא, היה ר' יצחק מתגלה כאיש ערירי ושבור. ההרגשה הקשה, כי כל ילדיו הגדולים והקטנים נפטרו בדרכו הארוכה מליסבון לקושטא, לא הרפתה ממנו.
– בניי היקרים, אשר היו ידועים ביופיים ובאצילותם ממש כבני מלכים, כולם מתו – ואני נותרתי ללא שם ושארית – היה ר' יצחק מזכיר תכופות.
– דוד! – היה ר' יוסף מעיר – היו משפחות אשר סבלם היה עוד גדול מסבלנו.
– ברוך ה' שהפליא חסדו עמנו, מאושר אני שעלה בידנו לצאת מליסבון עוד לפני השמד הגדול והגירוש. הרי היו משפחות תמימות, שילדיהם נסחבו בכח לאגן הטבילה. ומאותו יום לא ראו אותם הוריהם. ישתבח שמו.
– ה' ברחמיו ישלח לנו ישועה בקרוב. – אמר ר' יוסף ואנחה פרצה מפיו.
– שמע בני! – אמר ר' יצחק – זה כמה זמן שעלה בדעתי לכתוב פירוש על התורה ולקרוא לו "תולדות יצחק" כדי להשאיר לי זיכרון ושארית. ואמנם, כל עוד אני שקוע בחיבור זה, הריהו לי כילד שעשועים, ואני חש בעת ההתעסקות בפירוש שהוא המרפא לנפש.
לעיתים מזומנות ישבו שעות ארוכות ולמדו בצוותא; ר' יוסף לא ישב עוד כתלמיד לפני רבו אצל דודו, כי אם כחברותא.
לא אחת התפעל ר' יוסף מהתמצאותו הנפלאה של הדוד בכל שטחי החיים. בקי היה ברפואה ובאסטרונומיה, שלט בשפה הערבית והשתמש בה בפירושו לתורה. ועוד יותר גדלה התפעלותו כאשר הראה ר' יצחק את קובץ השאלות והתשובות (ובקיצור: שו"ת) בפסקי ההלכה.
– בני יוסף! – אמר הדוד – הרי אתה כבן לי. דע לך שאתה היורש של כל כתבי: השו"ת, הפירוש על התורה, וספר הדרושים שלי והכל מחידושי התורה שלי, לך יהיו אחרי מותי.
ואמנם בבוא היום ציטט ר' יוסף את פסקי דודו בחיבוריו הגדולים והביא את דבריו בשמו.
תקופה זו של לימוד עם ר' יצחק אחי אביו לא ארכה לר' יוסף. דודו נפטר בקושטא בשנת רע"ח, והוא לא ראה דרך אחרת לפניו אלא לעבור לתחנתו הבאה, הלא -היא ניקופוליס, או כפי שנקראה בקיצור ניקופול.
עיר זו על גדתו הדרומית של הנהר דנובה נמצאת היום בתחומיה של בולגריה; אולם באותן השנים היה האיזור חלק מן הממלכה העות׳מנית, שהשתרעה והקיפה ארצות רבות ושטחים עצומים.
בעיר הזאת רבו המבקשים תורה מפיו של ר' יוסף, לפיכך הכתירו אותו בכתר רבנות, ואף סייעו בידו לייסד ישיבה במקום.
בהיותו עסוק בעבודה עם הציבור החל לכתוב את מפעל חייו, הלא הוא ספרו הגדול "בית־יוסף", שהיה עסוק בחיבורו עשרים שנה. מפעל ספרותי זה מיוסד על ארבעה טורים לר' יעקב בן אשר.